Ogni produttore di strumenti dispone di impostazioni per ridimensionare i dati da visualizzare durante l'acquisizione. Prima di FCS 3.1 il ridimensionamento dei dati era controllato dal file. Con FCS 3.1 il ridimensionamento dei dati è ora controllato dal software che esegue l'analisi. Per garantire che i dati abbiano lo stesso aspetto che avevano durante l'acquisizione nel software di analisi, è necessario applicare le preferenze predefinite dello strumento. 

FCS contiene una parola chiave per identificare il citometro utilizzato per l'acquisizione. Il software di analisi clinica Kaluza è in grado di leggere questa parola chiave, $CYT, e di applicare le preferenze che controllano la visualizzazione di dati e informazioni. Quando si carica il primo file da un determinato strumento, si impostano le preferenze per quello strumento. Questi possono quindi essere rifiniti dall'utente in base alle esigenze.

I seguenti video dimostrano l'uso del pacchetto di software clinico offline Kaluza per leggere i file da una vasta gamma di strumenti e fornitori. I dati sono stati confrontati con i diagrammi e le statistiche generati nel pacchetto nativo e sono stati effettuati confronti paralleli per paragonare la fedeltà.