Una funzione nel software CytExpert per CytoFLEX è chiamata Gain Independent Compensation (Compensazione indipendente dal guadagno). In una matrice di compensazione CytExpert, il valore di guadagno è registrato insieme ai valori di spillover. Quando il guadagno viene regolato durante l'esperimento, la matrice di compensazione viene aggiornata per riflettere la variazione dei valori di spillover.

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