Il software CytExpert separa la compensazione e l’acquisizione del campione in esperimenti separati designati, rispettivamente, .xitc e .xit. Lo sperimentatore può scegliere quale eseguire per primo.

1. Se è necessaria una nuova compensazione, generare come segue:
   
   1. Preparare tutti i necessari controlli non colorati e a singolo colore utilizzando sfere o cellule di compensazione.
   2. .Selezionare New Compensation (Nuova compensazione) nel menu File, assegnare un nome al file e fare clic su Save (Salva)
   3. Selezionare i canali che necessitano di compensazione, quindi selezionare Sample Type (Tipo di campione) delle provette di controllo preparate. Le provette non controllate non sono necessarie per l'esperimento. Selezionare OK.
      Nota: Le informazioni su Etichetta e del N. del lotto possono essere inserite e conservate nella libreria di compensazione, se desiderato.
      
      CytExpert crea automaticamente un elenco delle provette vuote coincidenti nel pannello delle provette nonché tutti i diagrammi necessari per il gate delle popolazioni positive e negative.
      
   4. Caricare il corrispondente campione di fluorosfere o cellule non colorato o a singolo colore e selezionare  nel pannello di acquisizione.
   5. Se necessario, regolare il gate di dispersione in modo che racchiuda la popolazione desiderata. Regolare la scala di scorrimento sul diagramma della fluorescenza in modo che i picchi positivi e negativi appaiano in una posizione adeguata. Spostare i gate positivi e negativi in modo che racchiudano i picchi corrispondenti.
   6. Una volta che i gate sono in posizioni soddisfacenti, selezionare .
   7. Ripetere i passaggi d-f per tutte le provette.
   8. Dopo la raccolta dei dati per tutti i necessari campioni di compensazione, generare la matrice di compensazione selezionando Compensation Calculation (Calcolo di compensazione) dalla barra degli strumenti o dal menu delle impostazioni.
      
   9. Viene visualizzata la finestra Compensation Matrix (Matrice di compensazione) che mostra i valori di compensazione. Selezionare Save As (Salva con nome) per esportare la matrice come file .comp e specificare il percorso del file. Selezionare Save To Compensation Library (Salva nella libreria di compensazione) per salvare i singoli valori di compensazione del colore nella libreria di compensazione. Selezionare OK e quindi Close (Chiudi).
   10. Per salvare o sovrascrivere la matrice di compensazione nella libreria, Aprire l’esperimento di compensazione, eseguire i controlli di compensazione. Una volta completati, calcolare la compensazione. Quindi salvare la libreria di compensazione utilizzando il pulsante designato sotto la matrice di compensazione (pop-up). “Save as Comp Matrix”, (Salva come matrice di compensazione), “Save as Comp Library” (Salva come libreria di compensazione). Scegliere un nome.
       Suggerimento veloce: Per applicare una compensazione retroattivamente (iniziando prima con un esperimento, quindi applicando la compensazione), aprire un esperimento, eseguire i campioni. Fare clic con il tasto destro su campione, appare la casella “Apply Compensation” (Applicazione compensazione). Accanto alla provetta, vi è una icona/casella quadrettata (all’estrema sinistra), fare clic con il tasto destro sull'icona per applicare la matrice di compensazione. Da lì, scegliere la propria matrice. Quindi, applicare la compensazione a tutte le provette.